Prototype jest historią Alexa Mercera, który pewnego dnia budzi się obdarzony super mocami przy tym zupełnie pozbawiony pamięci. Jak to więc bywa z wkurzonymi super bohaterami, którzy zamieniają swoje kończyny w ostrza i młotki, wyrusza "w miasto" by dowiedzieć się co się z nim stało.
Gra utrzymana w konwencji Sandbox (otwarte miasto, jak w GTA), jak to określa serwis Kotaku określana może być jako brutalnie spłodzone dziecko "Crakdown", "Spiderman" i "State of Emergency".
Bohater potrafi wspinać się po ścianach, ciąć, siekać, miażdżyć i rzucać czołgami niczym Hulk. ;)
Pośród zdolności bohatera znajdziemy również te z idiotycznymi nazwami nawet w języku angielskim, a co dopiero w naszym: masa mięśniowa, ukrycie, termowizja i wizja zainfekowanych. Ach te nazwy...
Zbierając wspomnienia zabitych ludzi, Alex łączy strzępy w historię przyjmując również rolę narratora i poznając historię wypadku, w którym ludzkość została czymś zainfekowana.
Czekać proszę do lata. Aha, jeszcze coś: Prototype jest grą, która obsługiwać będzie system dźwiękowy THX 7.1.